分子对接技术广泛应用于生物大分子与小分子、以及生物大分子之间的相互作用研究中，具体涵盖蛋白质-小分子、核酸-小分子、小分子-小分子、蛋白-蛋白、蛋白-多肽和蛋白-核酸等多种类型。这些对接研究不仅揭示了生物分子间的识别机制和相互作用模式，还为药物设计、生物功能材料开发等领域提供了重要依据。
在蛋白质-小分子对接中，科学家能够深入了解药物分子与靶蛋白的结合方式，为新药研发提供有力支持。核酸-小分子对接则有助于揭示小分子化合物对核酸结构和功能的影响，为基因治疗等领域开辟新途径。小分子-小分子对接研究则有助于理解分子间的相互作用网络，为复杂生物过程的分析提供新视角。
此外，蛋白-蛋白对接、蛋白-多肽对接和蛋白-核酸对接等研究，则深入探讨了生物大分子间的相互作用机制，为理解生命活动的基本规律提供了重要线索。这些对接技术不仅推动了生物学研究的深入发展，还为疾病治疗、生物技术应用等领域带来了革命性的突破。